Předmětem výzkumu je selekce kmenů tzv. hub bílé hniloby, schopných produkovat ligninolytické enzymy nezbytné pro rozklad polymerního ligninu a lignocelulos. Používají se při tom metody klasické genetiky i nejnovější postupy molekulárněbiologické. Vzhledem k nízké specifitě těchto enzymů jsou houby bílé hniloby schopny rozkládat (degradovat) strukturně podobné látky. Naše pozornost je věnována především polyaromatickým uhlovodíkům a některým průmyslovým barvivům.
Zde je výzkum veden ve dvou směrech - v terénu sbíráme plodnice několika druhů dřevokazných hub a měříme v nich obsahy těžkých kovů. To je důležité jednak pro určení "fysiologické" koncentrace kovů, která je v přírodě běžná, jednak srovnáním výsledků z různých míst v republice můžeme určit relativní stupeň ekologické zátěže v dané lokalitě. Dosud jsme sbírali vzorky např. v Jeseníkách, Krkonoších, na Šumavě, ale i v Praze, západních Čechách nebo východní Moravě. Druhý směr výzkumu je laboratorní: v kulturách stejných druhů dřevokazných hub studujeme změny vyvolané těžkými kovy. Zjišťujeme přitom změny morfologické (tvar a barva hub) i biochemické. Některé enzymy jsou těžkými kovy inhibovány, někdy dochází naopak k produkci některých nízko- i vysokomoloekulárních metabolitů.
Součástí laboratoře je i mezinárodně registrovaná sbírka kultur bazidiomycetů (anglicky Culture Collection of Basidiomycetes, CCBAS) která obsahuje více než 600 kmenů různých druhů hub. Pracoviště zajišťuje jejich uchovávání a zabývá se sběrem, výměnou a prodejem kmenů zájemcům z řad institucí a vysokých škol. Přehled hub ve sbírce je zde v katalogu.